1997年-1999年 加盟外经贸部中国国际电子商务中心，开发外经贸部官方站点及网上中国商品交易市场；

　　1999年，正式辞去公职，创办阿里巴巴网站，开拓电子商务应用，尤其是B2B业务。目前，阿里巴巴是全球最大的B2B网站之一。阿里巴巴网站成功，使马云多次获邀到全球著名高等学府讲学，当中包括宾夕法尼亚大学的沃顿商学院、麻省理工大学、哈佛大学等。

　　2000 年 10 月，被“世界经济论坛”评为 2001 年全球 100 位“未来领袖”之一；

　　2001年 美国亚洲商业协会评选他为2001年度“商业领袖”；

　　2002年5月，成为日本最大财经杂志《日经》的封面人物；《日经》杂志高度评价阿里巴巴在中日贸易领域里的贡献 "阿里巴巴已达到收支平衡，成为整个互联网世界的骄傲。自中国加入以来，日本市场逐渐升温，大量的日本企业将目光投向阿里巴巴，并对她寄予了浓厚的兴趣和希望。

　　2003年 创立独立的第三方电子支付平台，目前在中国市场位居第一。

　　2004年12月，荣获十大年度经济人物奖。

　　2005年 和当时全球最大门户网站雅虎战略合作，兼并其在华所有资产，阿里巴巴因此成为中国最大互联网公司。

　　2006年至今成为央视二套《赢在中国》最有特色，最具影响力的评委，还用雅虎中国和阿里巴巴为《赢在中国》官方网站提供平台。为千百万创业者提供平台。

　　2007年8月推出了以网络广告为赢收项目的营销平台“阿里妈妈”，阿里巴巴以支付的低端门槛吸引了大量的中小站长加入。

　　2008年 阿里巴巴实行广告三包政策，再次掀起波浪。

　　2008年3月，马云先生获选巴隆金融周刊2008年度全球30位最佳运行长。

　　2008年7月，马云先生获得日本第十届企业家大奖。该奖项过去只颁发给日本国内的企业家。

　　2008年9月，马云先生获选美国《商业周刊》评出的25位互联网业最具影响力的人物。他也是唯一上榜的中国企业家。

　　2008年10月31日，阿里巴巴有限公司和杭州师范大学合作共建杭州师范大学阿里巴巴商学院，任董事。

　　中国的"互联网之父"

　　从某种意义上说，企业家马云的创业史，也是一部中国互联网的发展史。

　　1995年4月，刚过而立之年的马云，便满腔热情投入了方兴未艾的互联网浪潮中，并创立了中国第一家真正意义上的商业网站--中国黄页。彼时，被互联网业界誉为"开山鼻祖"的雅虎公司，刚刚创立不到一年；彼时，中国内地尚未开通一条互联网专线；彼时，因日后创办了曾显赫一时、却昙花一现的"瀛海威"公司而名扬业界的张树新，为了政府批文的事情，正奔波于北京城里大大小小"衙门"中。

　　若干年后，当人们重新研究中国互联网的发展史时，饱经沧桑的企业家马云方才获得那原本就该属于他的桂冠--中国"互联网之父"。颇为诡异的是，与国人之态度大相径庭，在西方，大多数人都称Jack ma（马云的英文名）为中国的"Mr.Internet"（"互联网之父"）。

　　不过，对于一贯淡泊名利、"不在乎别人怎么看自己，只在乎自己如何看这个世界"的马云而言，他并不需要为能否"正名"而或喜、或悲，因为历史已经给了他足够的机会去证明这些。

　　1997年底，迫于无奈而与"中国黄页"分道扬镳的马云，在外经贸部的邀请下，正式加盟下属的中国国际电子商务中心（EDI）。在此期间，一腔热血的马云带领其团队先后开发了"网上中国商品交易市场"、"网上中国技术出口交易会"、"中国招商"、"网上广交会"和"中国外经贸"等一系列站点，并为李岚清、吴仪等国家领导人所参观。其中，"中国外经贸"是中国各大部委中第一个真正意义上的政府站点，"网上中国商品交易市场"甚至被当时的外经贸部长的石广生同志誉为"永不落幕的广交会"。

　　1999年，在全球皆为".COM热"而疯狂的时代浪潮之中，在以雅虎、eBay、亚马逊三大巨头为主流的互联网格局下，"另类"的马云却高喊"只抓小龙虾"的口号，高举"做中小企业救赎者"的大旗，开拓一个前无古人、后有来者的新领域--中小企业B2B。从此，在雅虎、eBay、亚马逊之后，世界互联网版图上又多出了一个崭新的"第四种模式"--阿里巴巴模式。在企业家马云之前，习惯了全盘西化、大规模进口欧美经济模式的中国企业和企业家，从来没有像今天这样在世界新经济的大舞台上如此扬眉吐气过。

　　马云是最早在中国开拓电子商务应用并坚守在互联网领域的企业家，他和他的团队创造了中国互联网商务众多第一，立志为中国人做出世界上最好的站点。他是中国大陆第一位登上国际权威财经杂志《福布斯》封面的企业家， 著名的“世界经济论坛”将他选为2001年度全球100位“未来领袖”之一。

　　马云创立的阿里巴巴被国内外媒体、硅谷和国外风险投资家誉为与 Yahoo 、 Amazon 、 eBay 、 AOL 比肩的五大互联网商务流派代表之一。它的成立推动了中国商业信用的建立，在激烈的国际竞争中为中小企业创造了无限机会，“让天下没有难做的生意”。

　　哈佛大学两次将他和阿里巴巴经营管理的实践收录为MBA案例。在2002年1月发布的阿里巴巴第二份MBA管理案例，哈佛引用了马云对阿里巴巴的核心价值的阐述，"马云认为阿里巴巴的价值不在于每天的浏览量是多少，而在于能否给客户带来价值。"以此来表明对阿里巴巴迅速发展的认可。

　　阿里巴巴两次被美国权威财经杂志《福布斯》选为全球最佳B2B站点之一，多次被相关机构评为全球最受欢迎的B2B网站、中国商务类优秀网站、中国百家优秀网站、中国最佳贸易网。 从阿里巴巴成立至今，全球十几种语言400多家著名新闻传媒对阿里巴巴的追踪报道从未间断，被传媒界誉为"真正的世界级品牌"。

　　马云创办的个人拍卖网站淘宝网，成功走出了一条中国本土化的独特道路，从2005年第一季度开始成为亚洲最大的个人拍卖网站。

　　当人们谈到中国互联网十余年的发展历程中，不得不提到企业家马云，也不可能避开这个"幽灵"的存在。他是当仁不让的开创者、"教父"，也是充满变革精神的颠覆者、"叛逆"。